相続で事業を引き継いだときのインボイス登録を確認する

概要

個人事業者が亡くなり、その事業を相続した場合、亡くなった人（被相続人）が適格請求書発行事業者（インボイス発行事業者）だったときは、インボイスの登録状態について確認が必要になります。被相続人の登録は、相続人へそのまま引き継がれるものではなく、相続人自身の登録状態や事業承継の状況に応じて、今どのような扱いになっているかが変わります。

この記事は、相続により被相続人の事業を引き継いだ人のうち、被相続人が適格請求書発行事業者だった場合を対象とします。相続後もインボイスを交付したい人だけでなく、今後は交付しない人、すでに自分自身が登録済みの人、共同相続で遺産分割が済んでいない人も対象に含みます。

この記事では、被相続人の登録・相続人の一時的な「みなし登録」・相続人自身の登録という三つの状態を切り分けたうえで、今どの状態にあるか、今後インボイスを交付するために何をすればよいかを確認できるところまで案内します。相続税の申告や消費税の納税義務そのものの判定、死亡届出書の記載方法など、他の記事が担当する内容は、この記事では詳しく扱いません。

このページで分かること

被相続人の登録と自分（相続人）の登録が別のものであること
相続人が一定期間、適格請求書発行事業者とみなされる「みなし登録」の仕組みと期間
みなし登録期間中に使う登録番号の扱い
自分自身の登録申請が必要かどうかの判断
みなし登録期間中に登録申請をする場合の注意点
登録通知がみなし登録期間の末日までに届かない場合の扱い
相続承継者専用のケース別登録申請書を使った申請ケースの選び方
共同相続・遺産未分割の場合の基本的な取扱い

対象読者

次のいずれかに当てはまる人を主な対象とします。

適格請求書発行事業者だった個人事業者から事業を相続した人
相続後も取引先へインボイスを交付したい人
被相続人の登録番号をそのまま使い続けられるのか迷っている人
自分はまだ適格請求書発行事業者の登録を受けていない人
みなし登録期間中に登録申請すべきか確認したい人
相続前から自分でも事業をしていた人
遺産分割前で、事業を承継する相続人がまだ確定していない人

すでに自分自身が適格請求書発行事業者として登録済みの人も対象に含みます。この場合、相続を理由とする新規の登録申請は不要です。

更新日

更新日：2026年10月1日

最初に確認すること

インボイスの制度説明より先に、次を確認します。

亡くなった人は個人事業者だったかを確認します。
死亡時に適格請求書発行事業者だったかを確認します。
自分はその事業を相続により承継したかを確認します。
自分はすでに適格請求書発行事業者かを確認します。
相続後もインボイスを交付したいかを決めます。
死亡日から現在までどのくらい経過しているかを確認します。
適格請求書発行事業者の死亡届出書が提出されたかを確認します。
自分自身の登録申請をすでに提出したかを確認します。
登録通知または登録拒否の通知を受けたかを確認します。
共同相続で、遺産分割が済んでいるかを確認します。

これらの答えによって、次に読む箇所と必要な行動が変わります。

相続したときのインボイス登録はどうなるか

被相続人が適格請求書発行事業者だった場合でも、その登録がそのまま相続人へ引き継がれるわけではありません。

相続人が事業を承継し、まだ自分自身の登録を受けていない場合は、一定期間、相続人を適格請求書発行事業者とみなす制度上の扱い（みなし登録）が適用されます。みなし登録期間が終わった後もインボイスを交付するには、相続人自身が登録申請を行い、税務署長の登録を受ける必要があります。

一方、相続人がすでに適格請求書発行事業者として登録済みの場合や、被相続人が登録事業者ではなかった場合は、扱いが異なります。まず、被相続人の登録と自分自身の登録を分けて考えることから始めます。

被相続人の登録と自分の登録を分けて考える

インボイスの登録状態を確認するときは、次の三つを混同しないことが基本になります。

被相続人の登録
被相続人本人に対して行われていた登録です。相続人へ恒久的に承継されるものではありません。

相続人のみなし登録
一定期間、相続人を適格請求書発行事業者とみなし、被相続人の登録番号を相続人の登録番号とみなす、制度上の暫定的な状態です。

相続人自身の登録
相続人本人が登録申請を行い、税務署長の登録を受けて取得する登録です。みなし登録期間が終わった後もインボイスを交付する場合の、恒久的な登録状態にあたります。

この記事の以降の内容は、この三層の区別を前提に進みます。

みなし登録期間を確認する

適格請求書発行事業者でない相続人が、適格請求書発行事業者である被相続人の事業を承継した場合、相続日の翌日から一定期間、相続人を適格請求書発行事業者とみなす取扱いがあります。

みなし登録期間の終期は、次のいずれか早い日です。

相続人自身が適格請求書発行事業者の登録を受けた日の前日
被相続人の死亡日の翌日から4月を経過する日

みなし登録期間中に相続人が登録申請書を提出し、その期間の末日までに登録または登録拒否の処分に係る通知が届かない場合は、通知が届くまでの期間もみなし登録期間として扱われます。この延長の取扱いについては、次の見出しで確認します。

みなし登録期間中の相続人は適格請求書発行事業者とみなされるため、小規模事業者に係る納税義務の免除は適用されません。売上高が少ないことだけを理由に、みなし登録期間中も免税事業者になるわけではない点に注意します。

みなし登録期間中の登録番号を確認する

被相続人の登録番号は、相続人が恒久的に「相続する」ものではありません。

みなし登録期間中に限り、制度上、被相続人の登録番号を相続人の登録番号とみなす扱いになります。相続人自身が登録を受けた後は、被相続人の番号ではなく、相続人自身の新しい登録番号を確認します。被相続人の番号と相続人自身の番号を、同じ番号として扱わないよう注意します。

自分の登録申請が必要か確認する

相続人が既に登録を受けておらず、みなし登録期間後もインボイスを交付したい場合は、相続人自身の登録申請が必要です。

判断の基本は次のとおりです。

すでに自分自身が適格請求書発行事業者として登録済みである場合は、相続を理由とする新規登録申請は不要です。次の見出しで扱う内容を確認します。
まだ登録を受けておらず、みなし登録期間後もインボイスを交付したい場合は、登録申請へ進みます。
みなし登録期間後はインボイスを交付しない場合は、新規登録申請は行わず、みなし登録期間中の取扱いを確認するにとどめます。

すでに自分が登録済みの場合

相続人がすでに適格請求書発行事業者として登録を受けている場合、相続を理由として新たな登録申請書を提出する必要はありません。

この場合は、自分自身の既存の登録番号を前提として、被相続人に関する死亡届出等の別の手続きを確認します。死亡届出書の提出方法については、別記事で扱います。

みなし登録期間中に申請する場合

みなし登録期間中に相続人自身の登録を受けようとする場合は、登録申請書のみを提出すればよく、登録のためだけに消費税課税事業者選択届出書を提出する必要はありません。みなし登録により、その期間中はすでに課税事業者として扱われるためです。

ただし、これは登録手続との関係に限った内容です。相続人の別の課税関係について、課税事業者選択届出書が一律に不要になるわけではありません。自分の課税関係全体については、消費税の納税義務に関する確認とあわせて確認します。

登録申請から登録通知までは審査に一定の期間を要します。みなし登録期間後もインボイスを継続して交付する場合は、早めに申請することが案内されています。

登録通知がみなし登録期間に間に合わない場合

みなし登録期間中に登録申請書を提出したものの、期間の末日までに登録または登録拒否の通知が届かない場合は、その翌日から通知が相続人に到達するまでの期間も、みなし登録期間として扱われます。

この延長期間中も、被相続人の登録番号を相続人の登録番号とみなす取扱いが続きます。通知が届いたら、登録日と自分自身の登録番号を確認し、その後は自分自身の登録状態を前提にインボイスへ対応します。登録通知が届いた日と登録日は同じとは限らないため、通知の内容で登録日を確認します。

相続承継者用の申請ケースを確認する

国税庁は、相続により適格請求書発行事業者の事業を承継した個人事業者向けに、ケース別登録申請書（フローチャート）を公開しています。書面で申請する場合、このケース別登録申請書を中心的な確認資料とします。

自分のケースを選ぶ際は、少なくとも次の確認軸で照合します。

相続があった年より前から事業をしていたか
相続があった年に、相続より前に事業を開始したか
相続があった年と登録申請書を提出する年が同じか
その年の初日から登録を受けるか
登録申請の時点で課税事業者か
翌課税期間は課税事業者か
翌課税期間中に登録を受けるか
みなし登録期間中に登録申請書を提出するか

このフローチャートに自分の状況が当てはまらない場合は、推測でケースを決めず、所轄の税務署やインボイス制度の相談窓口へ確認します。

共同相続・遺産未分割の場合

相続人が複数いる場合、遺産分割が実行されるまでは、被相続人の事業を承継する相続人が確定しません。このため、適格請求書発行事業者でない各相続人を「相続により事業を承継した相続人」として扱う取扱いがあります。

みなし登録期間の末日までに遺産分割が実行され、被相続人の事業を承継しないことになった相続人は、分割が実行された日以後、みなし登録の適用を受けません。

誰が事業を承継するかという遺産分割そのものの法律判断は、この記事では代行しません。分割の状況や承継者の確定状況は、必要に応じて税理士や弁護士、税務署へ確認します。

状況別

同じ「相続で事業を引き継いだ」場合でも、状況によって対応が変わります。自分に近い状況を確認します。

被相続人が登録済み・自分は未登録・事業を承継・今後もインボイスを交付する場合
「みなし登録期間を確認する」以降を確認し、自分自身の登録申請へ進みます。

被相続人が登録済み・自分もすでに登録済み・事業を承継した場合
相続を理由とする新規登録申請は不要です。「すでに自分が登録済みの場合」を確認します。

被相続人が登録済み・事業を承継するが、みなし登録期間後はインボイスを交付しない場合
みなし登録期間中の取扱いと納税義務を確認し、継続登録のための新規申請は行いません。

被相続人が登録済みだが、事業を承継しない場合
相続承継者としてのみなし登録は前提になりません。死亡届出などの別の手続きを確認します。

被相続人が登録されていなかった場合
相続固有のみなし登録は前提になりません。必要であれば、一般の登録要否を別に確認します。

みなし登録期間中に登録申請済みで、まだ通知が届いていない場合
「登録通知がみなし登録期間に間に合わない場合」で、延長の取扱いを確認します。

自分自身の登録通知を受けた場合
登録日と自分自身の登録番号を確認し、以後は自分の登録状態でインボイスへ対応します。

共同相続・遺産未分割の場合
「共同相続・遺産未分割の場合」を確認し、分割実行後に事業を承継しないことになった場合の適用終了日に注意します。

相続前から自分でも事業をしていた場合
自分の課税事業者状態、既存の登録の有無、相続があった年、申請する年を確認し、「相続承継者用の申請ケースを確認する」でケース別フローチャートに照らして該当ケースを選びます。

フローチャートに当てはまらない・承継者を確定できない場合
独自に判断せず、確認したい事項を整理したうえで、所轄の税務署またはインボイス制度の相談窓口へ確認します。

期限・いつまでに

「期限」を一つにまとめず、次のように分けて確認します。

適格請求書発行事業者の死亡届出書：事由が生じた場合、速やかに提出するとされています。
みなし登録期間：相続日の翌日から、相続人自身の登録日の前日、または被相続人の死亡日の翌日から4月を経過する日のいずれか早い日までです。
みなし登録期間中に申請したが通知が間に合わない場合：一定の条件のもとで、通知が届くまでみなし登録期間が延長されます。
相続人自身の登録申請：みなし登録期間後もインボイスを継続して交付する場合は、審査に一定の期間を要することを踏まえ、早めに提出します。
相続承継者用ケース別申請：相続人自身の課税事業者としての状態、申請する年、登録を受ける時期によって、通常の登録申請における期限ルールとの関係が変わります。一律の期限としては書かず、ケース別登録申請書で自分のケースを確認します。

申請方法

相続人自身の登録申請は、e-Taxまたは書面の送付で行えます。

書面で申請する場合は、国税庁の現行案内で納税地を管轄する送付先を確認し、該当する業務センターへ送付します。
相続により事業を承継した人向けに、国税庁のケース別登録申請書が用意されています。
e-Taxで申請する場合は、相続による事業承継に関する質問に回答しながら申請内容を作成します。

登録申請書の記載方法など、一般的な操作手順の詳細は、「適格請求書発行事業者の登録申請をする」で扱います。

必要なもの

申請や状況確認のために、少なくとも次を確認資料として準備します。

被相続人の氏名・死亡年月日
被相続人の登録番号
適格請求書発行事業者の死亡届出書の控え、または提出日を確認できる記録
相続人自身の登録番号（すでに登録済みの場合）
相続人自身の登録申請書の控え、受信通知等（申請済みの場合）
登録通知（受領済みの場合）
相続・事業承継の時期を確認できる資料
遺産分割の実行日、事業承継者を確認できる資料（共同相続の場合）
相続前から事業をしていた場合、その事業開始時期や課税事業者としての状態を確認できる資料
現行の相続承継者用ケース別登録申請書・記載例

これらはあくまで確認や申請の準備に使う資料です。すべての資料を必ず添付するという意味ではありません。確認用の資料と、提出が必須の書類は分けて考えます。

申請後に確認すること

登録申請書を提出した後は、次を確認します。

受信通知や発送記録を保存します。
登録または登録拒否の通知が届いたかを確認します。
みなし登録期間の末日まで通知が届かない場合は、延長の取扱いを確認します。
登録通知が届いたら、登録日を確認します。
自分自身の登録番号を確認します。
必要に応じて、適格請求書発行事業者公表サイトで公表情報を確認します。

相談先

次の窓口が、行動や確認の相談先になります。

納税地の所轄税務署：制度全体や個別の状況についての相談窓口です。
国税庁のインボイス制度に関する相談窓口：インボイス制度に関する一般的な相談窓口です。
国税庁が案内する書面提出の送付先：書面で登録申請書を提出する場合は、納税地を管轄する最新の送付先を確認します。

公式リンク

提出前は、次の国税庁・e-Taxの現行案内も確認してください。

国税庁「インボイス制度に関するQ&A（目次一覧）」：問15「相続」で、相続時の登録の効力や必要な手続きを確認できます。
国税庁「No.6602 相続で事業を引き継いだ場合の納税義務について」：相続に伴う消費税の納税義務と、適格請求書発行事業者だった被相続人の事業を承継した場合の取扱いを確認できます。
国税庁「D1-64 適格請求書発行事業者の登録申請手続（国内事業者用）」：登録申請の提出時期、提出方法、現行の書面送付先案内を確認できます。
国税庁「ケース別登録申請書（フローチャート）相続により適格請求書発行事業者の事業を承継した個人事業者用」：自分の状況に応じた申請ケースを確認できます。
国税庁「D1-71 適格請求書発行事業者の死亡届出手続」：被相続人に関する死亡届出の提出時期・提出方法を確認できます。
e-Tax「令和5年10月1日以降、相続により適格請求書発行事業者の事業を承継しましたか。」：相続時のみなし登録と、みなし登録期間後もインボイスを交付する場合の登録申請を確認できます。
国税庁「インボイス制度特設サイト」：制度全体の最新情報や登録申請手続への入口を確認できます。
国税庁「適格請求書発行事業者公表サイト」：登録番号や公表情報を確認できます。
国税庁「各局（所）インボイス登録センターのご案内」：登録番号や登録処理状況の問い合わせ先、各局（所）の案内を確認できます。
国税庁「税務署の所在地などを知りたい方」：所轄税務署の所在地を確認できます。

注意点

被相続人の登録を相続人が恒久的に引き継ぐわけではありません。
みなし登録と、相続人自身の正式な登録は区別します。
被相続人の登録番号を使えるのは、制度上のみなし登録期間に限られます。
相続人自身がすでに登録済みであれば、新たな登録申請は不要です。
みなし登録期間中は、売上高が少ないことだけを理由に免税事業者として扱われるわけではありません。
みなし登録期間後もインボイスを交付するなら、相続人自身の登録が必要です。
みなし登録期間中に申請しても、申請日そのものが相続人自身の登録日になるとは限りません。
通知が届いた日と登録日は、混同しないよう確認します。
みなし登録期間の末日までに通知が届かない場合の延長の取扱いを見落とさないようにします。
死亡届出書の提出と、相続人自身の登録申請は同じ手続きではありません。
課税事業者選択届出書は、常に必要とも常に不要とも一律には書けません。登録手続との関係と、自分の課税関係全体との関係を分けて確認します。
共同相続・遺産未分割の場合は、単独で承継した場合と同じ前提で判断しません。
遺産分割後に事業を承継しないことになった相続人は、分割が実行された日以後、扱いが変わります。
一般の登録申請に関する期限ルールを、相続のケースへそのまま当てはめません。
相続承継者用のケース別フローチャートで、自分の申請ケースを確認します。
フローチャートに当てはまらない事情は、推測で処理せず、税務署等へ確認します。

よくある間違い

被相続人のインボイス登録をそのまま相続できると思い込む。
被相続人の登録番号を永久に使えると思い込む。
相続した瞬間に、自分名義の新しい登録番号が自動的に発行されると思い込む。
事業を承継していなくても、必ずみなし登録になると思い込む。
自分がすでに登録済みでも、相続を理由にもう一度登録申請すると思い込む。
みなし登録期間中は免税事業者のままだと思い込む。
死亡届出書を提出すれば、相続人自身の登録申請も完了すると思い込む。
登録申請を提出した日から、必ず自分自身の正式な登録に切り替わると思い込む。
死亡日の翌日から4月を経過する日に必ずみなし登録が終わると思い、申請済みで通知が未到達の場合の延長を見落とす。
登録通知が届いた日を、そのまま登録日だと思い込む。
みなし登録期間中の登録申請には、必ず課税事業者選択届出書も必要だと思い込む。
相続人には課税事業者選択届出書がまったく関係しないと思い込む。
共同相続でも、実際に事業をしている一人だけが最初から承継者として扱われると思い込む。
遺産分割後も、事業を承継しない相続人のみなし登録がそのまま続くと思い込む。
一般の登録申請記事の期限だけを見れば、相続のケースも同じように判断できると思い込む。
相続承継者用のケース別フローチャートを確認せず、通常の様式の記載方法を推測してしまう。

チェックリスト

対象確認

被相続人が個人事業者だったかを確認した。
死亡時に適格請求書発行事業者だったかを確認した。
自分がその事業を相続により承継したかを確認した。
相続後もインボイスを交付するかを決めた。

自分の登録状態

自分がすでに適格請求書発行事業者かを確認した。
自分の登録番号がある場合は、その番号を確認した。
未登録の場合、みなし登録の対象かを確認した。

みなし登録

死亡日を確認した。
死亡日の翌日から4月を経過する日を確認した。
被相続人の登録番号を確認した。
みなし登録期間中の納税義務を確認した。
死亡届出書の提出状況を確認した。

自分の登録申請

みなし登録期間後もインボイスを交付するかを確認した。
必要であれば、自分自身の登録申請を行うと判断した。
申請時点の課税事業者としての状態を確認した。
相続があった年、申請する年、相続前の事業開始時期を確認した。
相続承継者用のケース別フローチャートで該当するケースを確認した。
e-Taxか書面送付かを選んだ。

申請後

受信通知や発送記録を保存した。
登録または登録拒否の通知状況を確認した。
みなし登録期間の末日まで通知が届かない場合の取扱いを確認した。
登録通知で登録日を確認した。
自分自身の登録番号を確認した。

共同相続等

共同相続・遺産未分割の場合は、分割の実行日と事業承継者の確定状況を確認した。

あなたの場合はこちら

自分の状況によっては、この記事ではなく、次の記事や手続きを確認します。

被相続人が適格請求書発行事業者だったが、死亡届出書をまだ確認していない場合は、「適格請求書発行事業者の死亡届出書を提出する」で死亡届出の手続きを確認します。
被相続人がインボイス発行事業者ではなかった場合は、相続固有のみなし登録は前提になりません。一般の「適格請求書発行事業者の登録申請をする」、または消費税の納税義務確認へ進みます。
自分がすでに適格請求書発行事業者である場合は、相続を理由とする新規登録申請は不要です。必要な死亡関連の手続きや消費税の手続きを確認します。
みなし登録期間後もインボイスを交付する場合は、「適格請求書発行事業者の登録申請をする」で登録申請の具体的な手順を確認します。
相続人自身の消費税の納税義務を確認したい場合は、「相続で事業を引き継いだときの消費税の納税義務を確認する」を確認します。
相続人自身の消費税の確定申告や納付を行いたい場合は、対応する相続後の消費税に関する記事を確認します。